フコイダンは、海藻の中でもこんぶ・わかめ・もずくなどの褐藻類（かっそうるい）に含まれる特有のヌメリ成分（多糖類）の一つで、潮の流れや微生物から身を守るバリアの役割を果たしています。 乾燥重量のおよそ4％含まれており、フコイダンは海藻にとってなくてはならない成分なのです。

フコイダンは、「フコース」と呼ばれる糖に硫酸基が結合し、さらに数多く連結したものの総称として呼ばれています。・・・とは言え、フコイダンについてはまだ解明出来ていない部分が多いのが現状です。硫酸基多糖体をフコイダンと位置付けるのか、それとも多糖体全体をフコイダンと位置付けるのか、まだ決定されていない段階であり、現在はフコイダン含有商品については多糖体全体として表示されているものが多いと言えます。※ここでいう硫酸とは、劇薬である硫酸の元になっている成分ですが、単体で存在する時（＝「硫酸基」）は全く無害です。特徴としては水分を保持し、ヌルヌルやゲル状態を作り出すことが挙げられます。

フコイダンは、めかぶ由来・もずく由来・こんぶ由来のものなど様々な海藻に含まれています。それぞれに構造や構成糖、含有物質の違いがあります。